Neiva fue fundada en 1539 por Juan de Cabrera, por orden de Sebastián de Belalcázar, con el nombre de Villa de la Limpia Concepción del Valle de Neiva, en el sitio que se conoce como las Tapias o Neivaviejo, a 5 kilómetros al sur de Campoalegre. Poco antes, había fundado Popayán, cuando se dirigía hacia lo que hoy es Bogotá en su búsqueda de la mítica ciudad de Eldorado. Neiva sólo existió durante un año, porque Juan Cabrera, su fundador, fue en auxilio de Timaná, que era asediada por los nativos: lo cual hizo que los habitantes se dispersaran.
La segunda fundación la efectuó el capitán Juan Alonso el 18 de agosto de 1550, en el lugar que hoy ocupa Villavieja, territorio de los indios Toyoes, con el nombre de San Juan de Neiva. En 1569, la ciudad fue destruida por los pueblos nativos del lugar, los pijaos y otás, quienes combatieron a los capitanes de Belalcázar para vengar la muerte de Timanco, el hijo de la cacique del lugar, Guaitipán, llamada La Gaitana.
El 24 de mayo de 1612, la ciudad fue trasladada al sitio que hoy ocupa por Diego de Ospina y Medinilla, bajo la advocación de Nuestra Señora de la Limpia Concepción del Valle de Neiva.
Los colores de la bandera dispuestos horizontalmente y de igual ancho simbolizan las tres fundaciones: La primera de color rojo que significa valor, arrojo y amor a la libertad, la segunda de color verde, homenaje al trabajo, al esfuerzo creador de sus habitantes y como símbolo de esperanza, y la tercera de color amarillo, expresa hidalguía y espiritualidad del pueblo Neivano.
